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Ocupa parte de la superficie de cuatro municipios de Álava: Aspárrena, Zalduondo, San Millán y Barrundia y siete de Guipúzcoa: Salinas de Léniz, Eskoriaza, Aretxabaleta, Oñati, Legazpia, Zerain y Zegama, además de los terrenos que corresponden a la Parzonería General de Guipúzcoa y Álava. Las entradas principales al Parque Natural Aizkorri-Aratz se encuentran en Álava (Zalduondo y Araia, donde se sitúa la Casa del Parque o Parketxea) y en Guipúzcoa (Zegama y el Santuario de Arantzazu cerca de Oñati).
Espacio de montaña que junto a la sierra de Aralar constituye uno de los corredores ecológicos que une los Pirineos con la cordillera Cantábrica. Destaca el paredón rocoso que se extiende entre los montes Aratz y Aloña en el que se alcanzan las mayores altitudes de la Comunidad Autónoma Vasco