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La idea de crear un Museo Diocesano nace a principios del siglo XX cuando comienza a reunirse en las dependencias del Palacio Episcopal las primeras obras de la colección. A lo largo de este tiempo ha tenido varias ubicaciones: en 1923 se inaugura en el Seminario Conciliar “un museo diocesano en el que se exhibieron, debidamente clasificados, objetos artísticos pertenecientes a las iglesias”; entre 1930 y 1936 se instala en el nuevo Seminario Diocesano y entre 1942 y 1999 forma parte de los fondos de las instituciones museísticas albergadas en el Palacio Agustín como son la Casa de Álava, el Museo Provincial y el Museo de Bellas Artes.